De belangrijkste, en meest voorkomende, oorzaak van het whiplashtrauma is de kop-staartbotsing, waarbij het hoofd, dat meestal toch wel 5 kilo weegt, met grote snelheid naar voor en achter zwiept. Het whiplashtrauma geldt als een typische aandoening van de twintigste eeuw, omdat het stijgende aantal patiënten voornamelijk een gevolg is van het snelgroeiende gemotoriseerde verkeer. Als je de kop-staartbotsing nader bekijkt gebeurt er het volgende: Er staat een auto te wachten voor het stoplicht. En de bestuurder van de achter op komende auto let even niet op en knalt met grote snelheid achter op de wachtende auto. Als je nu neemt dat de rijdende auto 50 km/u rijd, veroorzaakt dit bij de stilstaande auto een achterwaartse beweging van het hoofd van 250 km/u. De spieren krijgen niet de kans om zich voor te bereiden op de klap en daardoor slingert het hoofd naar achteren en trekt aan de wervels. Daarna komt er een versnelling naar voren, waarna opnieuw de nekwervels verschuiven met de daaromheen liggende banden. Dit alles geeft het whiplashtrauma.

Mogelijke andere oorzaken zijn bijvoorbeeld een val van de keukentrap, een contactsport waarbij het er nogal ruig aan toe gaat of een sport waarbij de kans op botsingen groot is, zoals bij American football.

Een whiplashtrauma komt niet alleen voor bij een kop-staartbotsing. Toch is dat de meest voorkomende oorzaak van het whiplashtrauma. Wat er op dat moment precies wordt beschadigd, is nog steeds niet goed aangetoond. Wel zijn er verschillende theorieën over. Eén daarvan is dat er (net als bij sportblessures) gewrichtsbanden zijn overrekt en/of spiervezels zijn beschadigd. De meeste afwijkingen zijn moeilijk zichtbaar te maken met de huidige medische technieken, zoals röntgenfoto’s of een MRI-scan. Hierdoor zijn sommigen snel geneigd om de klachten als psychisch te zien. Toch twijfelen de medische experts er niet aan dat het sterk psychisch getinte whiplashsyndroom een lichamelijke oorzaak heeft. Dit is echter (nog) niet wetenschappelijk aangetoond.